Die Madagaskarente teilt ihr Schicksal mit vielen anderen Tierarten, die nur auf Inseln vorkommen. Jagd, Lebensraumzerstörung, aber vor allem die Einführung fremder Tierarten machen vielen auf den Inseln heimischen Tieren schwer zu schaffen.

Nicht selten sind die eingeführten Fremdarten robuster und setzen sich im Konkurrenzkampf durch. Oder aber sie verpaaren sich mit den heimischen Arten und verdrängen diese auf Dauer. Die Madagaskarente zum Beispiel ist hauptsächlich durch die Verpaarung mit Hausenten bedroht.