Die Weißflügel-Moschusente hält sich gerne in Waldgebieten auf, wo sie tagsüber in Bäumen ruht. Erst gegen Abend fliegt sie einzeln oder paarweise auf, um an überwucherten Waldtümpeln oder langsam fließenden Waldflüssen nach Nahrung zu suchen. Sobald die Monsunregen einsetzten, beginnen die Weißflügel-Moschusenten mit der Brut. In Baumhöhlen, die bis zu acht Meter hoch liegen, legen sie sieben bis zehn Eier. Durch die immense Regenwaldvernichtung in Asien ist der Bestand der Weißflügelenten stark zurückgegangen.